उत्तर-भंडारित अनाज में कीटों तथा सूक्ष्मजीवों के नियंत्रण के लिए यह आवश्यक है कि भंडारण से पूर्व अनाज तथा भंडार दोनों ही कीटों तथा सूक्ष्मजीवों से मुक्त तथा स्वच्छ हों। इसके लिए निम्न उपाय करने चाहिए- (i) भंडारण के समय भंडारित अनाज में 9 प्रतिशत से अधिक नमी नहीं होनी चाहिए। (ii) अनाज के भंडारों का समय-समय पर निरीक्षण करते रहना चाहिए जिससे अनाज में कीटों या सूक्ष्मजीवों द्वारा ग्रसन का पता शीघ्रातिशीघ्र लग सके। (iii) भंडारों में पीड़क नाशकों के स्प्रे (छिड़काव) तथा धूमकों के धूमन तथा पादप उत्पादों से कीटों तथा सूक्ष्मजीवों की वृद्धि को निर्वोत्रत किया जा सकता है।